Die Zwiebeln schälen und in Ringe schneiden. Den Knoblauch schälen und ganz fein zerdrücken. Das Öl in einer Pfanne erhitzen, die Zwiebeln und Knoblauchzehen darin anschwitzen und einige Minuten weich dünsten. Die Auberginen und die Zucchini waschen, nach Belieben schälen und in 6 bis 7 mm starke Scheiben schneiden.
1 oder 2 Backbleche mit Olivenöl bestreichen, die Auberginen- und Zucchinischeiben auflegen und mit ganz wenig Salz bestreuen. Bei 180°C im vorgeheizten Ofen 5 bis 7 Minuten braten, damit sie etwas vorgegart sind und Geschmack bekommen.
Die Tomaten waschen, den Stielansatz entfernen und in Scheiben schneiden. Die Mozzarellakugeln halbieren und zu ebenso vielen Scheiben wie die Tomatenscheiben schneiden.
Das Gemüse in die Form schichten: Die gedünsteten Zwiebeln in der ungefetteten Auflaufform verteilen und die gebackenen Auberginenscheiben darauf überlappend anordnen. Die Tomaten- und Käsescheiben abwechselnd und überlappend einschichten. Mit Salz, Pfeffer und Kräutern bestreuen. Die gebratenen Zucchinischeiben als letzte Schicht auflegen und damit den Auflauf abdecken. Leicht salzen und pfeffern.
Das Gratin bei 180°C im vorgeheizten Ofen garen. Nach 25 Minuten herausnehmen, mit Öl beträufeln und mit der Mischung aus Käse und Semmelbrösel bestreuen. Weitere 20 bis 30 Minuten garen und in der Form zu Tisch bringen.