Nudeln in reichlich kochendem Salzwasser bissfest garen, abgießen und abtropfen lassen.

Auberginen abbrausen, putzen, in Scheiben schneiden, salzen und in Mehl wenden. Knoblauch abziehen. 1 Zehe in 4 EL Olivenöl goldbraun braten, herausnehmen. In diesem Öl Auberginen portionsweise goldgelb braten. Herausnehmen und auf Küchenpapier abtropfen lassen.
Zwiebel abziehen und wie die übrige Knoblauchzehe klein würfeln. 2 EL Öl in einer Pfanne erhitzen und Zwiebel- und Knoblauchwürfel darin glasig braten. Lorbeeblatt, Thymian und stückige Tomaten zugeben. Salzen, pfeffern und etwa 15 Minuten köcheln lassen.

Backofen auf 200° (Umluft 180°) vorheizen.
Eine Auflaufform mit 1 EL Öl einfetten. Die Hälfte der Nudeln hineingeben. Auf die Nudeln abwechselnd eine Schicht Auberginen- und Salamischeiben legen und jeweils mit einer dünnen Schicht Nudeln bedecken. Zwischen jede Schicht etwas Tomatensoße und geriebenen Käse verteilen.
Sahne und Eier gründlich verrühren, mit Salz, Pfeffer und Muskatnuss würzen. Gleichmäßig auf den Auflauf verteilen. Cocktailtomaten waschen und vierteln. Die Oberfläche des Auflaufs mit der restlichen Soße bestreichen. Tomaten darauf verteilen, mit übrigem Käse bestreuen und mit restlichem Öl beträufeln.
Im Backofen auf der mittleren Schiene bei 200° (Umluft 180°) in etwa 20 Minuten goldbraun backen. Mit Basilikumblättern bestreut servieren.