Die Kartoffeln in etwa 20 Minuten nicht ganz weich kochen. Die Zwiebeln grob würfeln und in der Butter anbraten. Die Äpfel vierteln, entkernen, in Scheiben schneiden und dazu geben. Das Sauerkraut, das Salz, den Thymian und die restlichen Gewürze untermischen. Den Backofen auf 200°C vorheizen.

Die Kartoffeln schälen und in dünne Scheiben schneiden. Eine gefettete Auflaufform mit der Hälfte der Kartoffeln auslegen. Das Sauerkraut hinein füllen und mit den restlichen Kartoffeln bedecken. Den Sauerrahm darauf verteilen und den Käse darüber streuen. Den Auflauf ca. 30 Minuten backen.