Die Makkaroni im Salzwasser nach Packungsanleitung kochen. In einem Sieb abgießen, abschrecken und abtropfen lassen. Die Zucchini und Auberginen putzen, Blütenansätze entfernen. Das Gemüse waschen, eventuell längs halbieren, in Scheiben schneiden. Die Zwiebel abziehen, halbieren, in Streifen schneiden.

Das Gemüse nacheinander in erhitztem Öl anbraten. Den Knoblauch abziehen, durch die Presse über das Gemüse geben, mit Salz und Pfeffer würzen. Die Tomaten waschen, die Stängelansätze entfernen und in Scheiben schneiden. Mit den Makkaroni zu dem Gemüse geben.

Für die Soße die Butter zerlassen, das Mehl darüberstäuben und rühren, bis es hellgelb ist. Mit Milch und Sahne auffüllen, unter Rühren zum Kochen bringen und 2 - 3 Minuten kochen lassen. Den Schmelzkäse darin auflösen, mit Pfeffer und Salz abschmecken.

Die Gemüse-Nudel-Mischung in eine große gefettete Auflaufform geben. Die Käsesoße darübergeben. Den Makkaroni-Gemüse-Auflauf auf dem Rost in den Backofen schieben und bei 180 – 200°C (Ober-/Unterhitze) bzw. 160 – 180°C (Heißluft) etwa 35 Min. backen.